Unbekanntes Bildformat in Photoshop öffnen

[Ratiopharm]

Guten Morgen liebe EBV-Profis,

ich würde gerne eine Bilddatei mit Photoshop öffnen, leider ein Spezialformat. Kann man da irgendwas machen, oder besteht keine Chance?

Das Format ist .ZVI. Die Dateien werden von der Zeiss Software Axiovision erstellt. Es sind Aufnahmen mit einem Fluoreszenz-Mikroskop. Prinzipiell schaut man sich Objektträger mit Geweben an, die mit verschiedenen Farbstoffen markiert sind, ich habe also pro Bild mehrere Farben, die übereinandergelegt werden und das Gesamtbild ergeben.

Solange man nur 3 Farben hat (rot, blau, grün) klappt das alles auch sehr fein. Man exportiert es als .tiff, öffnet in Photoshop und kann dann mittels der Farbkanäle jede Farbe einzeln anschauen/bearbeiten.

Leider haben manche Bilder auch vier Farben (r,g,b + weiss (das nehme ich zumindest meistens, man könnte aber auch jede andere Mischfarbe nehmen). Jetzt bin ich mit Photoshop ziemlich aufgemschmissen, es gibt ja leider nur 3 Grundfarben/Farbkanäle. Das Programm von Zeiss kann damit umgehen, da hier jede Farbe als Ebene gespeichert ist. Leider wird das Bild bei jedem Export (wohl mit Absicht) auf eine Ebene reduziert.

Habe ich irgendeine Chance, die Originaldatei in Photoshop zu öffnen? Ich könnte wetten, dass dabei die Ebenen erhalten bleiben. Leider meckert er wegen ungültigem Bildformat...

Also, falls jemand eine Idee hat, nur raus damit. Oder falls jemand weiss, wie man das Problem anders umgehen könnte (z.B. vordefinierte Farben in einem Photoshop-Bild auszulesen und in Ebenen zu splitten)...

Danke, Tobias

 

[beiti]

Könnte man mit der Zeiss-Software die Ebenen einzeln exportieren?

 

[Ratiopharm]

Könnte man mit der Zeiss-Software die Ebenen einzeln exportieren?

Ja das geht, dann exportiert er 4 s/w Bilder.

 

[mariane]

Wenn Du das Bild in 4 s/w-Einzelbilder abspeichern kannst, brauchst Du nur diese in Photoshop wieder zusammen fügen. Wie das geht mußte mal probieren. Am einfachsten wäre wohl CMYK, aber auch RGB + einen weiteren Kanal als Volltonfarbe sollte gehen. Ich probiere das mal eben aus.

 

[mariane]

Funktioniert

Die 4 Bilder wie folgt abspeichern name_x.ext.

name = irgend ein Name, muß bei allen Bildern gleich sein
ext = Dateiendung je nach dem: jpg, tif, bmp (ich habe es mit jpg getestet)
x = jeweils C, M, Y, K, der Unterstrich davor ist wichtig

Alle Bilder dann in Photoshop laden und dann das Kontextmenü der Kanalpallette aufrufen (das kleine Dreieck oben) und dort "Kanäle zusammenfügen ..." auswählen, der Rest ist dann selbst erklärend.

Mit RGB geht das natürlich auch, dazu 3 Bilder mit x = R, G, B und Z oder was auch immer abspeichern und das vierte frei nach Wahl. Alle Bilder wieder in Photoshop laden, "Kanäle zusammenfügen ...". Damit hast DU ein RGB-Bild nun das vierte Bild in die Zwischenablage kopieren und im RGB-Bild einen neuen Volltonfarbkanal (die Farbe ist frei wählbar) anlegen und dort den Inhalt der Zwischenablage einfügen. Aus den RGB-Bild wird dann so ein Mehrkanalbildchen. Beispiel für RGB+Volltonfarbenkanal siehe Anhang.

Im Beispiel habe ich als Farbe weiß gewählt, über die Solidität wird die Deckraft/Einfluß bestimmt.

Eventuell gehts noch einfacher, in der Hilfe steht sicher mehr dazu.

 

[beiti]

Leider habe ich noch nicht ganz verstanden, was der Inhalt dieser Kanäle ist und wie sie sinnvoll zusammengefügt werden.
Ist die Zurordnung von rot, grün und blau gemäß der Farbstoffe korrekt, oder wählt man diese Farben nur so, damit das Gesamtbild ins RGB-System paßt?
Könnte man auch mehr als 4 Kanäle ausgeben, oder ist 4 das Maximum?

Vielleicht könntest Du so ein fertiges Bild hier zeigen, damit wir uns was vorstellen können.

Die meisten Möglichkeiten der Verrechnung hast Du in Photoshop, wenn Du die einzeln exportierten Teilbilder als Ebenen übereinanderlegst. Dort könntest Du die Ebenen individuell einfärben (falls das sinnvoll ist) und je nach Verrechnungsmethode ganz unterschiedliche Gesamtbilder erzeugen.

 

[Gast_757]

Hallo beiti,

Mikroskopie: Support
AxioVision LE
AxioVision LE ist eine Software, die der Betrachtung und einfachen Bearbeitung von Bildern im Zeiss Bildformat (ZVI) dient. Dieses Bildformat wurde speziell für Aufgaben im Bereich der Lichtmikroskopie gestaltet.


http://www.zeiss.de/c12567be00459794/Contents-Frame/48b3ffbcbeb8a6c8c1256e000043cdfd

Gruss Rolf

 

[semi]

Versuche vielleicht ImageJ
Unter Plugins taucht da "Zeiss ZVI Reader" auf. Ich kenne das Programm
nicht, es bietet vielleicht die Möglichkeit die ZVI Datei als Multipage TIFF
zu speichern o.ä.

 

[Ratiopharm]

Hallo Leute,

soweit erstmal danke für die Hilfe, den Tip von mariane werde ich gleich mal testen (sobald Zeit ist )...

Zur weiteren Info: die Farben sind Falschfarben, die nur als R,G,B definiert werden, um in das System zu passen. Die Färbungen sind fluoreszent, d.h. je nachdem welche Wellenlänge das Licht hat, dass man durchs Mikroskop schickt, leuchtet Farbstoff A, B oder C.
Die Kamera am Miksroskop ist letzendlich eine s/w Kamera. Hat mein einen Objektträger mit 4 Färbungen, nimmt die Kamera nacheinander 4 s/w-Bilder, eins für jeden Farbstoff und der PC färbt die Bilder künstlich ein und legt sie übereinander. Man kann beliebig viele Färbungen machen, 5 ist aber aus praktischen Gesichtspunkten das Maximum.

Das Zeiss-Programm kann in alle Formate exportieren, entweder das komplette Bild (in einer Ebene), oder alle Farben einzeln (in s/w), oder alle Farben einzeln (in bunt).

Die AxiovisionLE Software is zwar ganz nett, aber Photoshop liefert doch sehr viel bessere Qualität. UND es ist Mac-Kompatibel, man kann Jpgs einfach in Photoshop rüberziehen, etc. Man will sehr oft das Bild nur mit Farben 1+3 und dann einmal mit 4+1. Ohja, und die Photoshop Stapelverarbeitung

D.h. die beste Lösung wäre ein TIFF, mit einer Ebene pro Färbung. Und am allerpraktischten wäre das ZVI Image direkt in Photoshop zu öffnen, dann spart man sich das Exportieren 100er Bilder pro Versuch

Ich hänge mal ein Bsp. an, sorry dass ich keine mega-sensationellen Bilder für euch habe, ich sitze gerade am falschen PC

Ciao, Tobias


EDIT: Mein Problem ist letzendlich die Dateien als Ebenen in einem Bild zu kombinieren, und zwar additiv. Sprich, ein Pixel auf dem gleichzeitig rot und grün liegt, muss gelb werden...

 

[Ratiopharm]

Versuche vielleicht ImageJ
Unter Plugins taucht da "Zeiss ZVI Reader" auf. Ich kenne das Programm
nicht, es bietet vielleicht die Möglichkeit die ZVI Datei als Multipage TIFF
zu speichern o.ä.

Das habe ich auch gerade getestet Ist sehr einfach gehalten, aber OK. Nur das Plugin (laut Autoren auf Trial and Error Basis erstellt) funktioniert scheints nur für ältere ZVI Versionen Und dort öffnet es 4 einzelne s/w Bilder aus der ZVI Datei. Für mich leider nicht so toll :-/

 

[semi]

@Ratiopharm
Schicke am besten eine Email an Zeiss. Die können Dir vielleicht
einen Tipp geben, wie Du die Aufnahmen in Photoshop importieren
kannst. Vielleicht existiert ein Plugin dafür.
Ich habe ganz naiv "zvi.8bi" in Google versucht, war nix.

 

[mariane]

Wenn ich die ersten 3 Bilder zusammenfüge und dann noch für jeden Kanal eine Tonwertkorrektur durchführe, dann erhalte ich das 4 Bild als Resultat. Von daher ist das doch redundant.

Was hast Du denn genau vor, denn theoretisch reicht das 4 Bild vollkommen aus, dort sind die anderen Bilder als s/w in den Kanälen R, G und B enthalten und damit jederzeit zugänglich.

 

[Ratiopharm]

Wenn ich die ersten 3 Bilder zusammenfüge und dann noch für jeden Kanal eine Tonwertkorrektur durchführe, dann erhalte ich das 4 Bild als Resultat. Von daher ist das doch redundant.

Was hast Du denn genau vor, denn theoretisch reicht das 4 Bild vollkommen aus, dort sind die anderen Bilder als s/w in den Kanälen R, G und B enthalten und damit jederzeit zugänglich.

Aso, das habe ich vielleicht schlecht ausgedrückt

Die ersten 3 Bilder sind die Einzelbilder aus dem Export, das letzte Bild ist das Bsp. wie es danach aussehen soll. Ich würde gerne die ersten 3 Bilder so zusammensetzten, dass jedes in einer Ebene liegt, und wenn ich alle 3 Ebenen aktiviere, alles so aussieht wie in meinem Bild #4

Mit 3 Farben ist alles kein Problem, da kann ich einfach ein JPG aus der Zeiss Software exportieren und im Photoshop ist jede Färbung über das Farbkanal-Tool zugänglich.

Nur kommen ab jetzt nur noch Versuche mit 4 oder 5 Färungen, damit kann ich die einzelnen Färbungen nicht mehr über die Farbkanäle auswählen. Daher hätte ich gerne ein Bild mit 4-5 Ebenen (eine Ebene pro Färbung).


Mit dem Zeissvertreter habe ich auch schon gesprochen, die finden ihr Programm natürlich gaaaaanz toll und können garnicht verstehen wieso man so etwas unterentwickeltes wie Photoshop benutzen sollte Im Ernst: ihre Lösung ist immer das Zeissprogramm zu öffnen, die gewollten Färbungen auszuwählen und dann nochmal so zu exportieren. Arg

@mariane

Wenn ich deinen Tip bei mir wiederhole, kann ich leider "Kanäle zusammenfügen" nicht auswählen. Bleibt grau hinterlegt (Photoshop CS). Werde da mal die Hilfedatei konsultieren...

 

[mariane]

ich habe jetzt schon ein wenig gebastelt - aber leider in die falsche Richtung - ich konnte es ja nicht ahnen.

Prinzipell geht das mit Photoshop, du müsstest die Ebenen der s/w als RGB übereinanderlegen, die frage ist halt nur, wie Du das automatisierst. Du müssten ja zunächst 4 oder 5 Bilder laden diese zusammenfassen und die Ebenen zwecks Eineindeutigkeit auch entsprechen benennen und das dürfte nur mit einem Script (ich habe davon leider keine Ahnung) gehen. (Das wäre der Import)

Wenn Du das aber hinbekommst oder wer anders hier einen Tip noch geben kann, dann wäre folgendes noch zu machen: Über jede Ebene würdest Du eine Einstellungsebene Volltonfarbe... im Modus "Abdunkeln" mit deiner gewünschen Farbe anlegen und mit der Ebene darunter auf eine Ebene reduzieren und diese Ebene in den Modus "Aufhellen" setzen.


Also die Ebenen Palette sieht z.B. so nach den Import aus:

Ebene 5 - blau
Ebene 4 - violett
Ebene 3 - grün
Ebene 2 - rot
Ebene 1 - gelb

dann die Einstellungsebene Volltonfarbe... mit gewünschter Farbe und im Modus: "Abdunkel" anlegen, damit die s/w-Ebenen eingefärbt werden.

Ebene 55 - Volltonfarbe... Farbe: blau - Modus: "Abdunkel"
Ebene 5 - blau
Ebene 44 - Volltonfarbe... Farbe: violett - Modus: "Abdunkel"
Ebene 4 - violett
Ebene 33 - Volltonfarbe... Farbe: grün - Modus: "Abdunkel"
Ebene 3 - grün
Ebene 22 - Volltonfarbe... Farbe: rot - Modus: "Abdunkel"
Ebene 2 - rot
Ebene 11 - Volltonfarbe... Farbe: gelb - Modus: "Abdunkel"
Ebene 1 - gelb

Ebene zusammenfügen/reduzieren 1 mit 11, 2 mit 22 ... 5 mit 55

Ebene 5 - blau
Ebene 4 - violett
Ebene 3 - grün
Ebene 2 - rot
Ebene 1 - gelb

und den Modus "Aufhellen" einstellen

Ebene 5 - blau - Modus: "Aufhellen"
Ebene 4 - violett - Modus: "Aufhellen"
Ebene 3 - grün - Modus: "Aufhellen"
Ebene 2 - rot - Modus: "Aufhellen"
Ebene 1 - gelb


Für drei Farben sehe es am Ende so aus: Anhang (Blau ist hier ausgeblendet, also so wie Du es z.B. haben möchtest)

 

[Ratiopharm]

ich habe jetzt schon ein wenig gebastelt - aber leider in die falsche Richtung - ich konnte es ja nicht ahnen.

Prinzipell geht das mit Photoshop, du müsstest die Ebenen der s/w als RGB übereinanderlegen, die frage ist halt nur, wie Du das automatisierst. Du müssten ja zunächst 4 oder 5 Bilder laden diese zusammenfassen und die Ebenen zwecks Eineindeutigkeit auch entsprechen benennen und das dürfte nur mit einem Script (ich habe davon leider keine Ahnung) gehen. (Das wäre der Import)

Wenn Du das aber hinbekommst oder wer anders hier einen Tip noch geben kann, dann wäre folgendes noch zu machen: Über jede Ebene würdest Du eine Einstellungsebene Volltonfarbe... im Modus "Abdunkeln" mit deiner gewünschen Farbe anlegen und mit der Ebene darunter auf eine Ebene reduzieren und diese Ebene in den Modus "Aufhellen" setzen.


Also die Ebenen Palette sieht z.B. so nach den Import aus:

Ebene 5 - blau
Ebene 4 - violett
Ebene 3 - grün
Ebene 2 - rot
Ebene 1 - gelb

dann die Einstellungsebene Volltonfarbe... mit gewünschter Farbe und im Modus: "Abdunkel" anlegen, damit die s/w-Ebenen eingefärbt werden.

Ebene 55 - Volltonfarbe... Farbe: blau - Modus: "Abdunkel"
Ebene 5 - blau
Ebene 44 - Volltonfarbe... Farbe: violett - Modus: "Abdunkel"
Ebene 4 - violett
Ebene 33 - Volltonfarbe... Farbe: grün - Modus: "Abdunkel"
Ebene 3 - grün
Ebene 22 - Volltonfarbe... Farbe: rot - Modus: "Abdunkel"
Ebene 2 - rot
Ebene 11 - Volltonfarbe... Farbe: gelb - Modus: "Abdunkel"
Ebene 1 - gelb

Ebene zusammenfügen/reduzieren 1 mit 11, 2 mit 22 ... 5 mit 55

Ebene 5 - blau
Ebene 4 - violett
Ebene 3 - grün
Ebene 2 - rot
Ebene 1 - gelb

und den Modus "Aufhellen" einstellen

Ebene 5 - blau - Modus: "Aufhellen"
Ebene 4 - violett - Modus: "Aufhellen"
Ebene 3 - grün - Modus: "Aufhellen"
Ebene 2 - rot - Modus: "Aufhellen"
Ebene 1 - gelb


Für drei Farben sehe es am Ende so aus: Anhang (Blau ist hier ausgeblendet, also so wie Du es z.B. haben möchtest)

Spitzenklasse !

Das ist eine sehr gute Lösung, danke! Dann stimmt wenigstens schonmal die Theorie. Man wird das ja hoffentlich irgendwie automatisieren können, da muss ich mich vielleicht mal am Wochenende einlesen in die Skriptsachen Oder ein neues Thema aufmachen

Wirklich vielen Dank, das funktioniert super so.

 

[beiti]

Die einfachste Methode, Farben additiv zu mischen, ist doch die Verrechnung "Negativ multiplizieren" bzw. "Umgekehrt multiplizieren" (je nach PS-Version heiß das etwas anders).

Wenn ich die drei Farben übereinander lege und die oberen beiden Ebenen auf "umgekehrt multiplizieren" stelle, kommt exakt das Final-Bild raus.

Davon ausgehend würde ich dann Variationen machen, z. B. einzelne Ebenen anders färben. Am einfachsten geht das, wenn man die betreffende Ebene auswählt (evtl. alle anderen Ebenen unsichtbar macht) und dann mit Farbton/Sättigung den Farbton-Regler verschiebt.