Dein Objektiv hat bei 400 mm eine maximale Blende von 6.3. Bei den AF-Systemen, die in Spiegelreflexkameras so verbaut werden, gilt Blende 8 als absolutes Maximum. Mit einem 1.4fach-Konverter bis du schon bei Blende 9, mit einem Zweifach-Konverter bei Blende 11. Deshalb steigt bei der Kombination der AF deiner Kamera einfach aus.
Ich habe ja nur zweimal die 5DIII und kenne deine Kameras nicht. Aber soviel ich weiß, funktioniert der AF der 90D wie bei meinen Kameras bis Blende 8. Und da die Sigma-Objektive da tricksen, also scheinbar der Kamera Blende 5,6 vorgaukeln, funktioniert der AF des 100-400 auch noch mit 1,4x Konverter. Aber natürlich langsamer.