warum niemals am PC? Die resultierenden Dateisysteme sind identisch, denn dafür existieren Spezifikationen. Ordner werden von den Kameras wieder angelegt. Unsichtbare Systemdateien wie Papierkörbe sollten die Kameras nicht stören, sonnt hat der Hersteller seine Hausaufgaben nicht gemacht, so unbekannt sind diese Dateien nicht. Unmount tools entfernen diese aber für ganz empfindliche Kameras bei jedem Auswerfen aus dem Kartenleser.
Inkompatibilitäten resultieren nicht aus dem Formatieren, sondern den Karten, nicht umsonst empfehlen die Kamerahersteller welche, und das sind meist nur wenige und auch teure und genau da liegt der Hund begraben. Panasonic Gold sind z.b. mit die besten Karten, auch mit die teuersten sicher, aber wenn einem die Bilder das nicht wert sind.
Am Formatieren liegt es jedenfalls nicht, dafür fehlen einfach die technischen Grundlagen, Dateisystem ist Dateisystem.